広範囲に地球環境を網羅する5つの研究室は、海外・国内に広く展開をしており、施設の維持管理・運用を行っています。総合企画室に設置された2つの管理グループ（本部、沖縄）では、そのサポートを担っています。
また総合企画室は、研究所長の職務のサポーターとして、5つの研究室への支援、企画、運営、広報、知的財産、渉外、管理業務などを担当しています。